微波殺菌是微波熱效應和非熱效應共同作用的結(jié)果。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用：而非熱效應則使用微生物體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規(guī)方法，一般比較，常規(guī)方法殺菌溫度要在100-120度以上，時間要在十幾分鐘至幾*鐘，而微波殺菌溫度僅在70至90度，時間約為幾分鐘（例如：豆制品細菌總數(shù)6-7萬左右，經(jīng)過微波殺菌以后細菌總數(shù)只有6千以下，大腸菌群小于30，時間十五分鐘左右達到食品殺菌的要求）。
通過微波殺菌處理的食品的保質(zhì)期可延長3~8倍，不破壞原有的營養(yǎng)成份、色澤、口感和天然風味。與其它干燥、殺菌、解凍設備相比，可縮小占地面積、降低能耗30%~100%。而且不生產(chǎn)“三廢”污染。
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